Направления исследований ЦКП ПиМ
Работа в ЦКП ПиМ проводится по нескольким направлениям:
- качественное и количественное определение первичных и вторичных метаболитов различных организмов. Данные работы реализуются на системах ЦКП - Pegasus 4D GCxGC–TOF MS (включает двумерный газовый хроматограф Agilent Technologies 7890B и времяпролетный масс-спектрометр LECO), система капиллярного электрофореза (Agilent technologies Capillary Electrophoresis 7100) в связке с масс-спектрометром (Agilent technologies 6430 Triple Quad);
- получение масс-спектров белковых профилей микроорганизмов методом матрично-активированной лазерной десорбции/ионизации с времяпролётной масс-спектрометрией. Работы этого направления реализуются посредством MALDI-TOF MS;
- исследование качественного состава секретомов и протеомов микроорганизмов, количественная протеомика – осуществляется с использованием системы: ВЭЖХ (Thermo Fisher Scientific Ultimate 3000 Series) и трибридного масс-спектрометра Orbitrap Fusion Lumos, Proteome Discoverer.
Центр коллективного пользования протеомики и метаболомики (ЦКП ПиМ) создан на базе Лаборатории молекулярных биотехнологий ИЦиГ СО РАН в рамках Программы ЦГИМУ «Курчатовский геномный центр» (Соглашение №075-15-2019-1662 от 31.10.2019), для выполнения работ по программе Центра, а также для оказания высокотехнологичных услуг НИИ, ВУЗам и компаниям.
За 2023 год по результатам работ, полученным на оборудовании ЦКП ПиМ опубликованы статьи:
- Vasilieva, A.R.; Slynko, N.M.; Tatarova, L.E.; Efimov, V.M.; Kuibida, L.V.; Asbaganov, S.V.; Peltek, S.E. A GC-MS Chemotaxonomic Study on Lipophilic Compounds in the Bark of S. aucuparia subsp. sibirica Trees from the Population Growing in Akademgorodok, Novosibirsk (Russia). Metabolites 2023, 13, 768. https://doi.org/10.3390/ metabo13060768.
- Kirikovich, S.S.; Levites, E.V.; Proskurina, A.S.; Ritter, G.S.; Peltek, S.E.; Vasilieva, A.R.;
- Ruzanova, V.S.; Dolgova, E.V.; Oshihmina, S.G.; Sysoev, A.V.; et al. The Molecular Aspects of Functional Activity of Macrophage-Activating Factor GcMAF. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 17396. https://doi.org/10.3390/ijms242417396.
- Валембахов И.С., Слынько Н.М., Васильева А.Р., Конончук В.В., Калинина Т.С., Гуляева Л.Ф., Кушлинский Н.Е. Анализ содержания жирных кислот в люминальных подтипах А и В рака молочной железы с помощью двухмерной газовой хроматографии, объединенной с масс-спектрометрией. Клиническая лабораторная диагностика. 2023; 68 (11): 662-665. DOI: https://doi.org/10.51620/0869-2084-2023-68-11-662-665.
- Yulia E. Uvarova, Pavel S. Demenkov, Irina N. Kuzmicheva, Artur S. Venzel, Elena L. Mischenko, Timofey V. Ivanisenko, Vadim M. Efimov, Svetlana V. Bannikova, Asya R. Vasilieva, Vladimir A. Ivanisenko and Sergey E. Peltek Accurate noise-robust classification of Bacillus species from MALDI-TOF MS spectra using a denoising autoencoder Journal of Integrative Bioinformatics 23, DOI: 10.1515/jib-2023-0017
